《RD潜脑调查室》的时代背景是在2061年，那时是一个能与人类的意识彼此联系的被期待的理想网络社会，可是却出现了不断地有记忆流出，记忆被窜改等现象发生，人们仍然要依赖着网络交换情报，无法选择从网络中逃离出来。 于是，为了强化安全性，人们架构了一个全新的网络空间——METAL，它将个人的记忆信息以泡沫状的有机电脑防护壁似的东西来确保信息的保密性。人们接纳了这个装置，并渗透到了生活中去。……
2012年，正在建设中的人工岛近海处，进行海洋观测实验时遇到了“大海燃烧”的现象，因此事故，自由潜水员波留真理也陷入了无法回复意识的深眠中。
2061年，波留再次睁开眼睛时，光阴已经走过了50年，他的肉体已经是个80岁的老人，这个现实从他那里夺走了向前迈进的力量，过着不得不依靠轮椅的生活。于是他将目光转向了大海，向自己发生事故前从海底深处感受到的[地球规则]之谜发起挑战。
波留过去的好友，身为电子产业理化学研究所总部长的久岛永一明，让他担任调查这个时代的电脑网络METAL任务的潜脑调查查。
而且在波留的面前出现了一位少女苍井MINAMO，她拥有超强的真觉，作为他的伙伴，将观测者波留的成果给展示出来。MINAMO的哥哥SOUTA则是久岛的直属部下，是拥有实践都市型格斗术的电理研实习生。因为担心为波留打工的妹妹而经常会在波留的事务所里出入。另外还有一个看护的机器人HOLON在。正是他们这一个小组来解决现实与METAL的夹缝间所发生的问题。