二十年前，有“黄金右脚”之称的足球员明锋(浦叶楝饰)，被队友强雄(张明明饰)设计所害，在一场重要的比赛中，射失了一个十二码，不但名誉扫地，更被打断右脚。明锋信心尽失，最后沦落街头；而强雄则自此一帆风顺，成为足球界钜子。
    二十年后的今天，明锋(吴孟达饰)偶然认识以拾荒维生，性格乐天，对武术极度执迷的星(周星驰饰)，意外发现他的惊人脚力，凭他专业眼光，认定星有足球天份，锋因此游说星打足球，参加全国超级杯足球大赛。
    为了增加球队实力，推广少林武学，星游说一班当年曾在少林寺习武的师兄弟(黄一飞[铁头功]、田启文［铁布衫］、莫美林［旋风地堂腿］、陈国坤［鬼影擒拿手］、林子聪［轻功水上飘］饰)共同参赛，惜各人因谋生而荒废武学，而且全无斗志，但为了一百万的奖金，大家都愿意一试。第一场比赛面对以暴戾闻名的霸王队，各人均被打至半死，在千钧一发之际，星唤起了各人的潜在斗志，在一瞬间各师兄弟重拾了本身之绝技，更将之融入了足球内，发挥出惊人威力。最后更令霸王队归顺，成为了一队完整的“少林队”。
    另外，馒头皇后太极手阿梅(赵薇饰)，以太极功夫制造馒头，令星十分敬佩并成为了好朋友，虽然梅常常悉心照顾及暗恋星，无奈因样貌奇丑而自卑，而不敢向星表露爱意。同时，星亦于街角偶遇美少女OL(李卉饰)，两人产生了微妙的关系……
少林队于全国大赛中过关斩将，顺利打入决赛，所面对的最强对手，竟是明锋宿敌强雄(谢贤饰)所带领的“魔鬼队”。魔鬼队以高科技训练，并服用违禁药物，成为名副其实杀人不眨眼的魔鬼，少林队不单只有捱打，队员更一个一个被“杀人射球”击至重伤，面临惨败之局面。
    一个意想不到的人，这时却突然出现，令少林队重现生机……