在姨妈家里过暑假，真是一件非常糟糕的事情，哈利•波特不但离开了他的好友，还不得不整天受麻瓜们的折磨。直到他13岁的那天，一切彻底地改变了。那天凌晨，哈利收到了好友赫敏和罗恩送来的生日礼物，他显得非常开心。刚好，这一天，玛格姨妈要在这里住一个星期，她惹怒了哈利，于是，哈利一气之下把她变成气球飞上了天。
哈利自己也从姨妈家里逃了出来，他正孤单地在午夜的街上走着时，看见了一条可怕的黑狗。幸好这时一辆魔法世界的骑士巴士及时赶到，救起了哈利，并把哈利带到了伦敦。在伦敦，哈利度过了一段逍遥快乐的日子，他不仅见到了许多希奇的魔法物品，还完成了自己的论文，奇怪的是，他也遇见了一本名为《死亡预兆》的书，封面就是他离开姨妈家的那天晚上看到的黑狗，一种不祥的预感使哈利感到会有可怕的事情发生。
暑假快结束的时候，哈利在伦敦也见到了他的两个好朋友，赫敏和罗恩。从他们口中，哈利得知了一件恐怖的事，小天狼星——就是那个传言出卖他父母的恶棍——逃出了阿兹卡班，而且他的目的很可能就是要继续加害哈利。
听说天狼星要加害自己，哈利并没有感到害怕，相反，他在回霍格沃兹魔法学校才车上，却遇见了真正令他毛骨悚然的怪物——摄魂怪——阿兹卡班监狱派出抓捕小天狼星的。幸好，新来的魔法老师卢平教授救了哈利。
魔法学校又开学了，来了许多新的同学，哈利也回到了同学和好友当中。有新老师新课程使他的生活重新新鲜刺激起来，新的魔法老师卢平的课非常有趣，预言课却令哈利感到更加害怕，斯内普还是像以前那样和他做对。有趣的是，海格也当上了老师，教他们饲养一些奇怪的动物。有一天，海格教他们亲近巴克比克(一只庞大凶猛暴躁的鹰头马身兽)，小坏蛋马尔福惹怒了它，于是，巴克比克踢起脚打伤了马尔福。
被巴克比克打伤的马尔福，立刻向魔法部告发海格，他既想取消海格的教师资格，也要对鹰头马身兽巴克比克实施死刑。就在要对巴克比克执行死刑的那一天，哈利、赫敏和罗恩来到了海格的小木屋旁，他们想安慰海格。没有料到，他们在木屋没有找到海格，却发现了一条神秘的黑狗和罗恩的宠物老鼠斑斑。
哈利他们三人好奇跟着黑狗和斑斑，发现他们钻进了一个隐蔽的洞穴里，于是也跟着爬了进去。爬过一段黑暗的路后，哈利他们来到了一间小房子里，顿时惊呆了：屋子里，一个蓬头垢面的人，正与一个矮子和斯内普教授打斗。斯内普教授告诉哈利，那个蓬头垢面的人就是杀害哈利父母的小天狼星。
看见杀害父母的仇人，哈利气愤之下挥起了魔法棒，指向小天狼星。在这个关键时刻，屋外突然冲进一个人，把哈利击倒。这人正是魔法课老师卢平教授，原来，小天狼星并不是杀害哈利父母的人，其实真正的凶手是……